1. 民事案件
依据审理法第 7 条以及组织法第 3 条第 1 款规定，「依专利法、商标法、着作权法、光盘管理条例、营业秘密法、集成电路布局保护法、植物品种及种苗法或公平交易法所保护之智慧财产所生之第一审及第二审民事诉讼事件。」组织法第 3 条第 4 款规定，「其他依法律规定或经司法院指定由智慧财产法院管辖之事件。」

2. 刑事案件
审理法第 23 、 25 条及组织法第 3 条第 2 款规定，「因刑法第 253 条至第 255 条、第 317 条、第 318 条之罪或违反商标法、着作权法、公平交易法第 35 条第 1 项关于第 20 条第 1 项及第 36 条关于第 19 条第 5 款案件，不服地方法院依通常、简式审判或协商程序所为之第一审裁判而上诉或抗告之刑事案件。但少年刑事案件，不在此限。」

从前述中可以发现智慧法院的定位应与高等法院同层级，请见下图。

此时会发现民事案件处理上，智慧法院与地方法院均具有第一审的管辖权，但隶属智慧法院管辖的民事案件并非是专属管辖。因为，依据审理法第 1 条规定，「本法未规定者，分别依民事、刑事与行政诉讼处理。」以及民事诉讼法第 469 条规定，违背专属管辖的判决为违背法令的判决，可作为上诉三审的理由。

而智慧财产案件因其特殊性且区分不易，不应认定为专属管辖。既然不应归类为专属管辖，则可由当事人约定管辖法院，由智慧法院审理或由一般民事法院审理。但是若对地方法院判决上诉时则由智慧法院管辖且采合议审判制度。

从审理法第 30 、 34 条中可以发现，均适用到民事、刑事与行政诉讼程序为第 8 条第 1 项的适度心证公开以及第 11 至 15 条之秘密保持命令规定。分述如下：

1. 适度心证公开（审理法第 8 条第 1 项）
规定「法院已知之特殊专业知识，应予当事人有辩论之机会，始得采为裁判之基础。」亦即法院于审理过程中已知的特殊专业知识心证，应公开给当事人知晓，由双方当事人对此作攻击防御。

2. 营业秘密保护（审理法第 11 至 15 条）
诉讼证据的提供将左右诉讼的结果，但提供的资料若涉及营业秘密时，又使当事人处于两难的状况。因此审理法第 11 至 15 条规定，当事人或第三人所提供的诉讼证据，若涉及营业秘密者，得以经释明并符合营业秘密法第 2 条所定营业秘密定义者，即可声请承审法院发「秘密保持命令」，以确保资料的秘密性。

1. 保全程序特殊点
(1) 证据保全（审理第 18 条）

2. 技术审查官的添加（审理法第 4 、 5 条、组织法第三章第 15 、 16 条）
依据审理法第 4 条规定，技术审查官的职务为：
(1) 为使诉讼关系明确，就事实上及法律上的事项，基于专业知识对当事人为说明或发问。
(2) 对证人或鉴定人为直接发问。
(3) 就本案向法官为意见之陈述。
(4) 于证据保全时协助调查证据。
至于技术查官的资格与设置依据，请参见组织法第三章第15 、16 条。

3. 智慧财产专责机关参加诉讼（审理法第17条）
法院为判断当事人依第 16 条第 1 项所为之主张或抗辩，于必要时，得以裁定命智慧财产专责机关参加诉讼。

4. 远距视讯审理（审理法第3条）
法院与诉讼当事人或关系人间有视讯设备者，得以声请或法院职权以视讯讯问方式为之。

5. 强制提出相关文档（审理法第10条）
诉讼中的文书或勘验物无正当理由不提出者，法院得裁定罚锾处分并命为强制处分，但若有理由虽可不提出，法院亦可于必要时命其以不公开方式提出。

倘若法院对于诉讼关系人于诉讼中为听取其意见，而必须将前述不公开方式文书或勘验物向诉讼关系人开示时，持有人可声请法院对该诉讼关系人发出「秘密保持命令」裁定，以确保文书或勘验物的秘密性。

1. 刑事侦查与第一审程序仍由地方法院管辖
侵害智慧财产的犯罪有公开亦有隐密，惟大规模的仿制行为多为隐密性较高。因此，为能达到地方侦查的快速与方便性，仍将侦查行为由各地方法院检察署检察官、司法警察（官）就近处理。

另因检察官或司法警察官为进行侦查、调查，必须向对应的地方法院声请搜索票或羁押，地方法院对于这些声请，需及时调查及裁定，且基于侦查、审判的对应性，第一审审判作业仍交由地方法院管辖。

2. 得不公开审理（审理法第 24 条）
此条仍是遵照营业秘密遵守原则，于同法第 9 条作相似的规定。

4. 刑事附带民事诉讼程序（审理法第 27 条第 2 项）
虽是藉由刑事诉讼程序带到民事诉讼，但因基本上仍是民事案件，所以前述民事程序仍适用到此程序，因此自为裁判之约束，刑事审理法院亦应遵守。此时所述的刑事诉讼程序，包括各审级程序，只要是涉及审理法第 23 条的案件均应适用。

审理法第 33 条第 1 项规定，诉讼当事人于言词辩论终结前，就同一撤销或废止理由提出的新证据，智慧法院仍应审酌。

原依专利法第 67 条第 3 项规定，举发证据的提供应于举发审定前提出，若未提出者，受理机关不予以审酌该证据。纵然于行政诉讼中提出，行政诉讼亦不予以审酌。但同法第 4 项却规定，于行政诉讼判决确定后，举发人发现新事实或新证据时，可以对同一专利再行举发，衍生出另一新的行政诉讼。

从前述中可以发现，对于一项争议专利无法一次解决，造成累讼。为此，乃于审理第 33 条第 2 项规定，对于行政诉讼中新提出的证据，专责机关应提出答辩状，表明他造证据的主张无理由。

1. 技术审查官的角色与诉讼上定位
技术审查官在诉讼上的地位究竟为何是一大疑问。技术审查官的陈述或是书面资料可作为唯一的引用证据吗？技术审查官可对鉴定人发问，则其与鉴定人之间的关系又为何？技术审查官与智财谘询专家间的关系又如何？

2. 秘密保持命令于诉讼上的效用
秘密保持命令可以保障双方当事人间的营业秘密，但是否会生成所有智慧诉讼涉及当事人认为的营业秘密时，即声请秘密保持命令，导致命令满天飞的状况，尚待诉讼发展。

3. 民事诉讼争点效力疑问
智慧法院于审理案件时，不论是民事或是刑事案件均得自为专利有效性的判断，而且民事案件中的主张仅限于该诉讼中对于对造不得主张权利，也就是诉讼结果仅具有对人效力，无对世效力。此时，民事诉讼基本原则的争点效功能无法彰显。因此究竟如何要求诉讼当事人，对于诉讼应尽的义务，应制订出相对应的规定措施。

4. 自为判断衍生出的再审状况
由于民事诉讼得对专利有效性自为判断，因此可能生成民事诉讼的判断与行政机关的判断不同，导致得提起再审以求救济。若行政诉讼亦同时间为之时，二诉讼若对自为判断的结果不同时，如何提起再审？