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台灣民事訴訟制度採使用者付費主義，即原告於起訴時要繳納裁判費。司法院大法官會議釋字第225號曾解釋「民事訴訟係當事人為自己之利益，請求司法機關確定其私權之程序，自應由當事人負擔因此所生之費用，方稱公平」。過去曾有《民事訴訟費用法》規範裁判費事務，但目前已回歸民事訴訟法的規範。

民事法院審理案件時，若涉及財產權時，其裁判費之計算係根據民事訴訟法第77條之13 ，以「訴訟標的之金額或價額」為基礎並採累進費率。

根據智慧財產法院108年民專訴字第104號民事裁定，如果「原告在第一審未繳納裁判費或繳納不足」時，在「第一審為實體判決後」而「當事人提起上訴」之際，第二審法院「應命原告補繳第一審裁判費」。若原告沒有繳納，第二審法院會視不同的上訴單位而有不同的處置：（1）「如係原告上訴，應將上訴駁回」；（2）「如係被告上訴，應廢棄第一審判決[而]駁回原告在第一審之訴」；（3）「如係被告上訴，而被告亦不遵限補繳上訴裁判費者，則應駁回被告之上訴，而不得廢棄第一審判決」。

裁判費計算之基礎為訴訟標的之價額。根據民事訴訟法第77條之1，「訴訟標的之價額，由法院核定」；該核定屬可抗告之裁定。於核定時，應「以起訴時之交易價額為準」；但若「無交易價額者」，則「以原告就訴訟標的所有之利益為準」。又對於價額之核定，法院「得依職權調查證據」。最高法院102年度台抗字第862號民事裁定指出，關於此依職權調查證據而後之核定，「下級法院所為核定」其「並無拘束上級法院之效力」；故若「原審認第一審法院核定訴訟標的之價額有誤」，其「予以重行核定，亦無不合」。

若價額無法核定時，根據民事訴訟法第77條之12，以同法第466條「所定不得上訴第三審之最高利益額數加十分之一定之」，即165萬。但是最高法院曾於102年度台抗字第317號民事裁定表示，「所謂訴訟標的之價額不能核定，係指法院在客觀上不能依民事訴訟法第七十七條之一第二項規定核定訴訟標的價額而言」；「倘法院在客觀上可得依其職權之調查，資以計算核定其訴訟標的價額，即不得謂訴訟標的之價額不能核定」。

面對專利侵權行為，專利法第96條給予權利人兩類請求權。第一類是禁止請求權，即專利法第96條第1項規定「發明專利權人對於侵害其專利權者，得請求除去之。有侵害之虞者，得請求防止之」；前者（排除侵害請求權）用於排除已經發生之侵權行為；後者（防止侵害請求權）則預防可能發生但未發生之侵權行為。另於主張禁止請求權時，可同時「對於侵害專利權之物或從事侵害行為之原料或器具」，「請求銷毀或為其他必要之處置」。

第二類是損害賠償請求權，即專利法第96條第2項規定「發明專利權人對於因故意或過失侵害其專利權者，得請求損害賠償」。近年，司法實務亦允許專利權人對侵權人主張不當得利，以就損害賠償請求權時效消滅以前之專利侵權行為，爭取金錢上補償。

如果專利權人於起訴時主張多項請求權，即「損害賠償」與「除去侵害」（即「排除侵害」），則問題是應根據民事訴訟法第77條之2第1項，而將該些標的之價額「合併計算之」，或是應根據同條第2項而認定其為「以一訴附帶請求其孳息、損害賠償、違約金或費用」，而採取「不併算其價額」。

關於損害賠償請求權和排除侵害請求權等之訴訟標的價額是否合併計算，早期最高法院曾採「不合併計算說」，例如最高法院於101年度台聲字第1352號民事裁定中表示：民事訴訟法第77條之2第2項之「以一訴附帶請求」是指「附帶請求與主位請求間有主從、依附或牽連關係者」；「而排除侵害（不作為）、防止侵害（作為）及賠償損害之請求，雖係依[當時]專利法第八十四條第一項規定所為三項不同方法之聲明，但其所據以請求之訴訟標的法律關係，則同源於侵害專利權而來」，故「該三項請求間有相依附或牽連關係存在」，而適用「不併算其價額」之規定。

根據「不合併計算說」，法院應擇一項請求權來計算訴訟標的之價額；亦即，若專利權人同時主張損害賠償與排除侵害等二項請求權，則關於「其主請求之訴訟標的」是屬於「損害賠償請求」或是「排除侵害請求」，「法院應探求當事人真意」，而「不得逕以訴訟標的價額之高低」，來「認定損害賠償為其主請求，而排除侵害為附帶請求」。

不過，現今最高法院採「合併計算說」；其起始於102年度台抗字第317號民事裁定，其中最高法院指出：關於民事訴訟法第77條之2第2項之適用，其應基於「該附帶請求與主請求標的間須具有主從關係，且附帶請求係隨主訴訟標的之法律關係存在而發生者」；但關於「本件排除侵害之請求」，其「意指起訴後禁止再為侵害專利權」，而「非在排除已發生之侵害」，且「其成立與否須調查侵害專利權事實之有無及於事實審言詞辯論終結前是否存在」，故「此就後續侵害行為之排除」與「聲明請求賠償過去已生之損害」之間，「二者應無主從之附帶關係」，而「自應併算訴訟標的價額」。

之後，最高法院於102年度台抗字第862號民事裁定亦延續此見解，其指出：「專利權人對於侵害其專利權者，以一訴本於[當時專利法]第九十六條第一項前段之（排除侵害）禁止請求權」，而「請求被告不得實施該專利」，並「依同條第二項損害賠償請求權之規定」，而「請求被告賠償已發生專利權所受之損害」；則「前者係在提起訴訟後，防止發生因專利權繼續受侵害所生之損害」，但「後者則為侵害專利權已生損害之填補」，故「二者請求之法律上利益，並不相同，無主從之附帶關係」，而應「合併計算其訴訟標的價額」。

「合併計算說」現為智財法院所遵守之原則，例如智慧財產法院108年民專上易字第4號民事裁定、與109年民專訴字第6號民事裁定等所示。

最高法院於102年度台抗字第317號民事裁定中，對學名藥侵權事件中之排除侵害請求權，有指示下級法院應如何調查與訴訟標的價額有關之證據。本案最高法院表示就原告之「排除侵害之請求，應以其因[被告]停止侵害所獲得之利益核定訴訟標的價額」；則「原法院未調查並說明其無法依其調查結果核定上開排除侵害聲明訴訟標的價額之理由」，竟「僅以[被告]為地區性經銷商」，且「兩造均未能提出核定依據」等為由，而「認其訴訟標的之價額不能核定」，即屬「自有未合」。

具體而言，本案最高法院認為「兩造雖均陳[被告/地區藥品經銷商]未向[原告]或其經銷商購買威而剛」，但「原法院是否無法參照各種客觀事實（如[被告]於起訴前每年銷售系爭[學名藥]產品之平均數量、[原告]起訴時就威而剛[/系爭原廠藥]之獲利率、系爭專利權賸餘年數與案件審理期間、其他可替代非侵權產品之市場占有率等）」，以「綜合概算[被告]停止侵害後，[原告]可得之所有利益？並非無疑」，故原法院「自有進一步調查研酌之必要」。

「因財產權而起訴，其訴訟標的之金額或價額在新臺幣十萬元以下部分，徵收一千元；逾十萬元至一百萬元部分，每萬元徵收一百元；逾一百萬元至一千萬元部分，每萬元徵收九十元；逾一千萬元至一億元部分，每萬元徵收八十元；逾一億元至十億元部分，每萬元徵收七十元；逾十億元部分，每萬元徵收六十元；其畸零之數不滿萬元者，以萬元計算。」